近日，果树所岭南特色果树研究团队在国际学术期刊Horticulture Research（中科院农林科学一区Top，IF=8.5）发表题为“The pangenome enhances the understanding of the genetic diversity of papaya”的研究论文。果树所为论文第一完成单位，杨敏副研究员、周陈平副研究员为论文共同第一作者，杨敏副研究员和魏岳荣研究员为论文共同通讯作者，团队成员参与了相关工作。

　　番木瓜是重要热带亚热带水果，营养价值与药用价值高。由于单一参考基因组无法完整表征物种遗传多样性，本研究通过整合多个番木瓜资源基因组构建泛基因组，重点开展四方面研究：（1）构建同源基因、图形、线性三种泛基因组并比较，互补揭示番木瓜基因组变异全景，发现非核心基因与品种抗性、风味相关；（2）挖掘到T3品种RRG基因内含子区94 bp缺失变异，首次在番木瓜中揭示该基因通过调控根分生组织细胞增殖与伸长影响根长的分子机制；（3）利用222份种质重测序数据鉴定26173个高可信结构变异（SV），发现其可揭示SNP分析未捕捉的遗传关系，鉴定出驯化相关候选基因；（4）新增3个关键番木瓜品种（贮丰、T3和T5）及重新组装的紫晖品种高质量基因组，丰富了番木瓜基因组资源。本研究不仅为番木瓜遗传育种提供了高质量的基因组资源与变异图谱，也为解析复杂农艺性状、挖掘抗病抗逆基因、加速分子标记辅助育种奠定了坚实基础。

　　该研究得到国家自然科学基金面上项目（32572974）、广东省农业科学院“中青年学术带头人——金颖之星”培养基金项目（R2023PY-JX005）、广东省农业科学院果树研究所科技创新自主培育项目（23107）、广东省乡村振兴战略专项资金种业振兴行动项目（2024-NPY-00-028）和广州市科技计划项目（2024A04J6951）的资助。

　　原文链接：https://doi.org/10.1093/hr/uhaf282

泛基因组分析鉴定到的功能基因结构变异（SVs）