广东省农业科学院农业生物基因研究中心生物信息学研究平台
2020-05-09 09:58  作者:2020-05-09  作者:

     生物信息学平台,由超级计算服务器(简称超算服务器)和生物信息分析软件技术等组成的数据高速存取、编辑和分析的信息数字化平台。该平台主要利用生物信息技术对生物数据包括测序数据,基因组学、蛋白组学和生物芯片研究产生的数据进行序列比对、特异探针设计、基因功能预测、蛋白质结构功能域预测等深入、系统地分析挖掘,揭示数据背后所蕴含的科学逻辑规律和生物学意义。

      研究能力:利用比较基因组学高精度分析技术,发现不同基因组间的全部差异,挖掘与重要生理生化功能相关的基因;通过转录组、蛋白组分析,代谢网络分析,进一步筛选重要性状相关基因,并从整体水平分析其作用和调控机制。

一、仪器设备

     高性能的配置保证了生物信息学平台高效的数据处理和安全的数据存储。平台拥有超算服务器计算性能10万亿次/秒,包括2台胖节点、10台刀片机、1台GPU服务器、1台登入与管理服务器、4台存储服务器等仪器设备,其中1台胖节点八路服务器配置CPU64核、内存1.5T,其大内存可满足宏基因组拼接需要,1台胖节点四路服务器配置CPU32核、内存512G;10台刀片机配置CPU24核、内存128G

   目前使用常规先进的软件保障很强的数据分析能力,常用软件:Blast, Mpiblast, Diamond, Interproscan, Hmmscan, Bowtie2, Bwa, Tophat, Cufflinks, Samtools, Bedtools, rMATS, PASA, AUGUST, HISAT2, HTSeq, iTAK, Qiime, Mothur, PICRUSt, LEfSe, FLASH, MUMmer, miRanda, Velvet, SOAPdenovo, metaSPAdes, QUAST, Novoalign, OPERA-MS, MySQL, Apache, PHP, Python, Perl, R, Circos等。如需其他软件可提供另外的专属服务。
二、服务内容
◆为超算服务器使用者提供使用培训与技术支持;
◆提供数据存储、基因组拼接、基因预测、基因功能预测、SNP鉴定、结构域分析、蛋白序列分析、共线性分析等单项技术服务;
◆提供基因组、比较基因组、微生物16s、宏基因组、转录组、宏转录组、重测序、全基因组关联分析、蛋白组、代谢组等整套生物信息分析技术服务;
◆ META分析与大数据整合;
◆数据库构建与网站开发;
◆论文(生物信息学)设计与合作。

三、代表案例
与中山大学、广东省农业科学院、华南农业大学、中国水产科学研究院南海水产研究所、广东省生态环境技术研究所等多家科研机构开展合作,主要案例如下:

 应用案例  代表成果(论文)
 真菌转录组测序与生物信息分析

 

(Genes, 2020, 11:161)

 辣椒抗病转录组分析

 

(Genes, 2020, 728, 144288)

 鱼类基因组浏览器与在线分析系统开发

 

(Database, 2019, baz056)

 淀粉与蔗糖代谢通路分析

 

(J.Plant Biol., 2019, 62: 203)

 共线性分析

 

(Scientific Reports, 2017, 7: 12785)

 氧化锌调控猪肠道微生物数据分析与研究

 

(Frontiers in Microbiology, 2017, 8:825.)

 低聚壳聚糖调控猪肠道微生物数据分析与研究

 

(Frontiers in Microbiology, 2017, 8:2182.)

 
网站1:
猪肠道微生物网
 
http://pim.agrogene.ac.cn/
 网站2:
动物冠状病毒网
 http://106.52.22.168:8080/covidManage/login.html

四、联系方式
联系人:俞婷 博士
服务电话:15692436670,85161235
电子邮箱:287208621@qq.com
地址:广州市天河区金颖路20号创新大楼2楼207A
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